В 1927 году в с. Усть-Заза была организована первая школа для сельской молодежи. Здание располагалось на левом берегу устьи реки Заза и на правом берегу
реки Витим. Первым учителем был Чимитов Доржо Аюшеевич.
В 1935 году, по данным архивных документов, школа уже располагалась на берегу озера Исинга и называлась Исингинская начальная школа, где обучалось 50
учащихся.
В 1946-1950 г.г. в Исингинской начальной школе обучалось 82 учащихся. населенными пунктами, обслуживаемыми школой были: Рыбпункт, Михайловка, Шин-
Далай, Хисагда, Баян-Гол, Бутуй, Ендондино, Исинга. Количество класс-комплектов постепенно увеличилось от четырех до восьми.
В 1957 году начальная школа реорганизована в семилетнюю, а затем в 1961 году - в восьмилетнюю. Было начато строительство основного корпуса школы, дети
животноводов стали жить в интернате.
В 1967 году Приказом Министра Просвещения Бурятской АССР от 31 мая Исингинская восьмилетняя школа была реорганизована в среднюю школу.
В 2007 году введено в эксплуатацию новое здание школы.
Постановлением №889 АМО "Еравнинский район" от 19 декабря 2013 года изменена организационно-правовая форма "Муниципального бюджетного
общеобразовательного учреждения"Исингинская средняя общеобразовательная школа" на "Муниципальное автонмоное общеобразовательное учреждение
"Исингинская средняя общеобразовательная школа".